Początki parafii NMP Królowej Polski związane są ściśle z plebanią położoną na działce należącej do parafii farnej na Przygrodziu przy dawnej ul. Lwowskiej obecnie 3-go Maja.
Plebania została wybudowana staraniem ówczesnego proboszcza parafii farnej ks. Tomasza Olewińskiego i poświęcona w roku 1894. W czasie I wojny światowej plebania została bardzo zniszczona. Odrestaurował ją ks. proboszcz Zygmunt Mętki w latach 1924 – 1930.
W roku 1960 władze miejskie przejęły większą część ogrodu dwa lata później zajęły siłą kilka pomieszczeń na plebani i osadziły tam lokatorów. Ks. proboszcz Władysław Opaliński chcąc ratować przed dalszym zaplanowanym zajęciem plebani w dużej sali jadalnej na piętrze urządził kaplicę.
Po śmierci ks. Opalińskiego w 1966 roku, nowym proboszczem w kościele farnym został ks. Bronisław Fila, który zamieszkał razem z wikariuszami przy farze. Dzięki jego staraniom powiększono kaplicę i w 1967 roku poświęcona ją pod wezwaniem Najświętszego Serca Jezusowego. Odtąd był już w niej stale przechowywany Najświętszy Sakrament oraz odprawiana msza św. w niedziele i święta oraz w dni powszednie.
W 1971 roku ks. bp Ignacy Tokarczuk mianował rektorem kaplicy ks. Jana Czajkowskiego z zamiarem organizowania życia duszpasterskiego, a w przyszłości założenia parafii. W tym też czasie władze miejskie przydzieliły na mieszkanie na plebani Siostry Służebniczki Starowiejskie wywłaszczone z domu przy ulicy 3-go Maja, które podjęły się opieki nad kaplicą.
W 1975 roku z polecenia ks. Bp Ordynariusza rektorat kaplicy objął ks. Marian Rajchel, który zamieszkał na plebani i podjął systematyczną pracę duszpasterska. Przystąpiono także do urządzenia kaplicy na parterze plebani, co spowodowało sprzeciwy władz miasta, które nie chciały dopuścić do rozbudowania placówki duszpasterskiej. Wymierzone kary pieniężne na proboszcza i parafian nie przerwały planów rozbudowy kaplicy. Jednocześnie w pomieszczeniach gospodarczych urządzona punkt katechetyczny i katechizowano dzieci i młodzież z pobliskich szkół.
Dnia 14 marca 1977 roku ordynariusz przemyski ks. bp Ignacy Tokarczuk dokonał poświecenia kaplicy, która otrzymała tytuł Najświętszej Maryi Panny Królowej Polski, a dekretem Kurii Biskupiej w Przemyślu z dnia 15 sierpnia 1977 roku utworzono przy poświęconej kaplicy parafię.
Pierwszym proboszczem tej parafii został dotychczasowy rektor kaplicy ks. Marian Rajchel. W tym samym roku podjęto plany zbudowania obszernej kaplicy, która pomieściłaby większą liczbę parafian. Gorliwość proboszcza i wiernych doprowadziła do szybkiego ukończenia drewnianej kaplicy. Pierwszą Msze św. w nowej kaplicy odprawiono w Wigilię Bożego Narodzenia, a dnia 6 stycznia 1978 roku ks. bp Tadeusz Błaszkiewicz dokonał poświęcenia nowego obiektu sakralnego. Wkrótce zaczęto też myśleć o budowie murowanej świątyni. Po wielu staraniach proboszcza i wiernych, władze miejskie i wojewódzkie dnia 8 września 1982 roku zezwoliły na budowę nowego kościoła i jeszcze tego samego roku przystąpiono do prac budowlanych. Dwupoziomowy kościół projektu A. Szczepańskiego, M. Wilka i J. Błaszczyk, przy dużej ofiarności parafian ukończono w 1985 roku. Poświęcenia świątyni dokonał w dniu 9 października 1985 roku ks. bp Ignacy Tokarczuk, a konsekracji obecny Metropolita Przemyski ks. abp Józef Michalik dnia 20 marca 1995 roku. Dla potrzeb duszpasterskich zbudowano także budynek katechetyczny oraz księgarnie św. Maksymiliana. Dla Sióstr Służebniczek wybudowano Dom zakonny, a w nim ochronkę dla dzieci przedszkolnych. Wraz z prowadzonymi budowami rozwijało się życie duchowe i charytatywne parafii. Powstało wiele wspólnot i grup modlitewnych, Kuchnia im. Św. Brata Alberta wspierająca ubogich i bezdomnych, jak również staraniem ks. Prałata Mariana Rajchla powołano katolickie Radio „Ave Maria”. Katechizacją objęto dzieci i młodzież ze szkół znajdujących się na terenie parafii.
Po złożeniu rezygnacji przez ks. Rajchla z funkcji proboszcza, Metropolita przemyski dnia 16 sierpnia 1997 roku mianował proboszczem parafii NMP Królowej Polski ks. dr Edwarda Chmurę, dotychczasowego ojca duchowego i profesora Wyższego Seminarium Duchownego w Przemyślu. Z szacunkiem dla dokonań poprzednika, ks. proboszcz Edward Chmura z wielką gorliwością podjął obowiązki duszpasterskie. Wraz ze współpracownikami – wikariuszami i zawsze wiernymi parafianami podjął prace remontowe i renowacyjne. W roku 1988 odwodniono kościół, a rok później wymieniono dach na kościele. Ponadto przeprowadzono gruntowne remonty plebanii i doprowadzono wiele sal w budynku katechetycznym do świetności. Gruntownym remontom poddano Kuchnię św. Brata Alberta i zaadaptowano jedna salkę w budynku katechetycznym na miejsce spotkań i rozrywki młodzieży tworząc Klub „Arka Millenium”. Przy współudziale Akcji Katolickiej wyremontowano pomieszczenie w budynku parafialnym przeznaczając na Katolicka Poradnie Rodzinną, która służy pomocą parafianom i osobom z miasta.
Ogromnym przedsięwzięciem i wielkim nakładem środków finansowych było zagospodarowanie placu przykościelnego i ogrodu. Powstał wielki parking, który służy zmotoryzowanym przybywającym na Msze św. i nabożeństwa. Ponadto przeprowadzono wiele prac remontowych adaptacyjnych w samym kościele.